Cerita dimulai dengan pencurian yang dilakukan oleh Kaito KID, berlian yang luar biasa sebagai sasarannya - padahal KID yang dalam kasus ini hanya menjadi penonton dari kerumunan. Perbedaan lain dalam hal ini mencakup KID menggunakan pistol asli dan perahu bertenaga tinggi, bukan jubah hangglider standarnya. Conan Edogawa mengejar, tetapi digagalkan oleh sesosok bayangan menggunakan pedang yang memotong skateboardnya menjadi dua belah; kemudian dia menyadari identitas sebenarnya dari pelakunya adalah: Lupin III. Ternyata, Lupin bertindak di bawah paksaan; bunga cintanya, Fujiko, sedang dijadikan sebagai sandera, dengan kalung peledak di lehernya yang akan meledak jika Lupin tidak bekerja sama. Pencurian berlian, yang membuat Lupin mencuri, tak lebih dari sebuah tes kemampuannya, sebagai target sebenarnya adalah batu permata bernama Cherry Sapphire, pria yang meminta Lupin untuk mencuri adalah seorang pria misterius bernama Alan Smithee.
Kemudian saat Lupin mulai beraksi, dia membuat bingung Kepolisian Tokyo dibawah pimpinan Juzo Megure berkonsultasi Koichi Zenigata seorang Interpol yang ditugaskan untuk menangkap Lupin, dengan Miwako Sato dan Wataru Takagi sebagai seoang relawan sebagai asisten. Namun, meskipun tindakan pencegahan Zenigata itu, Lupin, menyamar sebagai Takagi, dan berhasil mencuri permata dan pergi. Bersamaan dengan itu, seorang penyanyi pop terkenal muda Italia bernama Emilio Baretti akan tiba di Jepang untuk melakukan tur konser; tetapi di tengah-tengah liputan berita, Conan memperhatikan Daisuke Jigen diantara rombongan Baretti. Teman Ran Mouri yaitu Sonoko mengatur untuk pertemuan pra-konser dengan idolanya di hotel, tapi setelah kedatangan di hotel dia terjebak dalam kasus bersama Megure dan polisi di suite Baretti, bersama dengan manajernya, Claudia Belucci, dan produsernya, Luciano Carnevale. Baretti telah menerima surat ancaman yang menyuruhnya membatalkan konsernya atau dibunuh.
Meskipun bahaya bagi kehidupan Baretti, Carnevale menegaskan bahwa konser berlangsung sesuai jadwal. Ketika Ran dan Sonoko memutuskan untuk pergi, Conan tetap berada di belakang untuk mencari Jigen, dan menemukannya bekerja sebagai pengawal Baretti, meskipun ia jelas belum membuat rencana lain. Sementara itu, Ran dan Sonoko tiba-tiba bergabung dengan Baretti untuk tur di Tokyo Tower. Sesampai di sana, dia keluar gedung menara yang tinggi; ketika Ran menemukan dia di sana, ia mulai menegur dia, berpikir ia ingin bunuh diri. Sebuah hembusan angin hampir menerbangkan mereka dari menara, tetapi mereka diselamatkan oleh upaya gabungan dari Conan, Jigen dan Sonoko.
Selanjutnya, Baretti mengaku bahwa Carnevale bekerja sama dengan mafia Italia, menggunakan konser sebagai penutup untuk melakukan transaksi ilegal dan karena itulah dibuat ancaman terhadap hidupnya untuk melanjutkan konser Jepang. Akhirnya, konser Baretti itu dimulai tanpa kesulitan. Namun, Carnevale berhasil menghindari pengawasan polisi dan pergi ke bandara, di mana ia bertemu dengan Smithee untuk melakukan kesepakatan. Namun, ia mengungkapkan pada saat ini perantara yang mengatur pertemuan ini dan pemilik Cherry Sapphire adalah rekan Lupin Jigen dan Goemon; Lupin sebenarnya disewa oleh pemerintah Vespanian untuk mengambil sepotong langka bijih yang dicuri oleh Carnevale, mineral yang memungkinkan pembangunan teknologi utama Stealt. Smithee, yang berasal dari (fiksi) negara Gillanba, dimaksudkan untuk menggunakan bijih untuk mengimbangi kekuatan militer dari negara tetangga, yang mana sudah di dukung ratu akhir Vespania, Sakura, yaitu putri Mira.
Namun, Smithee telah membawa bala bantuan bersenjata berat, tapi masih bias di tanggulangi oleh bantuan sebagian dari Conan dan teman Lupin, Smithee akhirnya membawa Conan sebagai sandera. Smithee dan Carnevale mencoba untuk melarikan diri dengan pesawat, tapi Lupin naik ke pesawat yang dibantu Fujiko dan Haibara, kemudian dia dan Conan mempersiapkan untuk mengalahkan Smithee. Tiba-tiba Carnevale muncul dengan senjata dan menembak hingga menjatuhkannya sendiri, karena kejadian itu kontrol penerbangan rusak, dan melukai Smithee dan akhirnya tewas. Ketika jet militer menyerang, berniat untuk menghancurkan sampel bijih sebelum mereka dapat meninggalkan negara itu, Lupin mengungkapkan bahwa Cherry Sapphire juga terbuat dari sepotong bijih Vespanian.
Setelah menggunakannya, mereka berhasil menggagalkan rudal yang menembak mereka, Conan dan Lupin meninggalkan pesawat jatuh melalui parasut dan kemudian dijemput oleh kapal selam yang dibawa Fujiko dan Ai Haibara. Dalam sebuah adegan pasca-kejadian, Conan, Ran dan Haibara melihat Baretti pergi dengan aman saat ia berangkat dari Jepang. Sementara Lupin mencoba untuk mencuri harta nasional dari sebuah kuil Kansai, hanya saja sudah kedahuluan Kaito KID, dan dia dipergoki oleh kepolisian dan segera mengejarnya.
Untuk mendownload film tersebut silahkan klik link disini
